莲子为小坚果。呈椭圆形、卵形或卵圆形，其大小因品种而异，一般长1.6-1.8厘米，宽1.1-1.2厘米，千粒重1100-1400克，幼果期果皮绿色，革质，后由绿转褐色，成熟时呈棕褐色、灰褐色和黑褐色。有细纵纹和较宽的脉纹。一端中心呈乳头状突起，深棕色，多有裂口，其周边略下陷。质硬。种皮薄，不易剥离。

子叶2，黄白色，肥厚，中有空隙，具绿色莲子心。无臭，味甘、微涩。