梅干菜发酸的主要原因是受到微生物的污染，发生变质。食品在常温下放置，很快就会受到微生物污染和侵袭。

引起食品腐败变质的微生物有细菌、酵母菌和霉菌等，它们在生长和繁殖过程中会产生各种酶类物质，破坏细胞壁而进入细胞内部，使食品中的营养物质分解。食品质量降低，进而使食品发生变质和腐烂。