可能是其生长过程中，受到高温、干旱、污染、过量的农药，甚至瓜藤受伤等因素的影响，导致脆瓜就会通过自我防卫机制产生苦味物质。这种苦味物质叫做“碱糖甙毒素”。

还有，未成熟的和熟过头的瓜也会有苦味，原因也不同，有的能吃有的不能。

瓜类尚未成熟，含有很多单宁类物质，尝起来会有苦涩感，虽然不好吃，但是对身体无害。而瓜类采摘后存放太久、过熟腐烂，会因微生物侵染导致瓜中含有微生物的“代谢产物”，部分代谢产物也会有苦味。这个苦味意味着食品的变质，所以也会对人体健康不利，故这类发苦的瓜是不建议食用的。