枯萎病、根腐病、青枯病、溃疡病、根结线虫等病虫害，这些都是引起死棵的主要原因。除了病虫害以外，还有一个急性病害，那就是生理性萎蔫死亡。

辣椒发生枯萎死棵，多发生在坐果以后，尤其是在盛果期，发病程度较重，这是由于盛果期枝叶、开花、坐果同时生长，根系压力大，负担重，而此时正是根系活性最衰弱的时候，也是土壤病虫害高发阶段，如果管理不当，或遇到连续下雨，根系和枝叶都容易被病菌侵染，这时候就会发生各种各样的枯萎死棵。