有影响。

  总经理和董秘都辞职肯定有影响，别说总经理和董秘都辞职，就是总经理一个人辞职也有影响。

   别人会想，总经理都辞职了，那单位会好吗

  即便总经理辞职对单位经济没有影响，但不知情的情况下也会影响单位的。