纯天然蜂蜜会发酵，经过加工浓缩的蜂蜜不会，因为纯天然蜂蜜中含有较多的活性酵母菌，加工过程中会破坏蜂蜜的应有活性成分。

蜂蜜发酵也是常见的蜂蜜质量问题之一。由于蜂蜜能吸收空气中的水分，因而浓度逐渐变稀而未成熟的蜂蜜，含水量也比较高。通常蜜中含水量在21%以上，即有利于酵母菌的生长繁殖。

若蜜中含水量超过33%，酵母菌的活动则更频繁。如果酵母菌在蜜中大量繁殖，就会将蜜中糖分分成酒精和二氧化碳，这就是蜂蜜的发酵。