小麦胚芽的提取主要根据其粒形、密度以及碾轧后成片状等特性加以分离提取。可以在小麦清理和碾磨这两个阶段中进行。

小麦在清理过程中，有20%~30%的胚芽脱落，其混杂在清理下脚中而有70%~80%的胚芽经碾磨后，部分混入面粉中，部分混入麸皮中。由于混入清理下脚中的麦胚未经挤压而不呈片状，不易提取。目前主要在磨粉过程中，经光辊磨和分级筛，提取呈片状的麦胚。