辣椒苗头发紫的原因主要有两点：

一有可能是由于缺素引起的，也就是缺少镁元素和磷元素，导致辣椒果实表面花青素沉积，从而出现紫斑现象。这原因也许是土壤缺乏磷元素，或者辣椒根系吸收能力导致的。

二有可能是病毒病导致的，受病害的辣椒果表面也有紫色出现，而且周围的茎秆，叶片也会出现褪绿，畸形和花叶。主要是不良的环境因素导致，高温干旱，植株抗逆性不强的话就容易出现。