硫代硫酸钠在水处理中，可以用作饮用水和废水的脱氯剂、杀菌剂，经常用以除去自来水中的氯气，以及循环冷却水的铜缓蚀剂锅炉水系统的脱氧剂含氰化物废水的处理等。

硫代硫酸钠因其在水质改良中的低价、高效、无污染，在水产养殖行业中也得到了广泛的应用，具有去除水中余氯，降解亚硝酸盐等改善水质的作用。