最大的不同是生物学上分类的不同。

芦笋和毛笋是两种不同科属和种类的植物。芦笋是为百合科天门冬属多年生宿根草本植物、石刁柏的嫩芽。而毛笋为禾本科常绿植物竹的幼芽，其实属于竹子的幼芽也就称之为毛笋。

还有一个显著的不同是外观不同。

芦笋外表较为光滑细长，而毛笋其外壳有一层笋叶，较为矮壮。