玉米酒刚出来是青绿色，随着澄清过滤，会接近透明。装瓶前后必须杀菌，这样才不会变化。杀菌过程要控制好，最好的效果是保证保质期，又最少程度的破坏风味，杀的好的米酒，颜色不变，不理想的会微黄甚至很黄，这是因为杀菌的高温没有控制好导致氧化。

装瓶后，有两种变化加深颜色的情形，一是氨基酸和糖结合成大分子，产生颜色，学理上叫美拉德反应，还有就是酒当中有氧气，它会和酒里的物质发生氧化反应，引起色变。