高鳍刺尾鱼身体扁平，呈三角形，有较高的背鳍和臀鳍，体色具变异性，通体多分布着棕色和白色的环带，环带上又有数十条浅黄色细环带。

高鳍刺尾鱼头部一般为白色，点缀着黄色斑点，有深棕色斑纹横过眼睛。其背鳍、臀鳍与身体颜色一致，并且分布着环状的白色窄斑纹，棕色的尾鳍上布满暗黄色小斑点。