成年树修剪主要是在初春进行，由于余甘的一年生结果母枝到第二年可发育成二年生结果母枝，因此每年落叶后到春季萌芽前的修剪，只对极少量一年或二年生以上的结果母枝基部留2～3条芽进行短剪其余可根据树形进行轻度疏剪。对树势衰退的树可采取重剪更新，以恢复树势和树冠而恢复产量。

余甘树每年抽生的枝条数较少，而且枝梢生长势不旺，修剪时要重、轻结合，尽量少重剪，避免枝条过少而产量下降。