皮蛋利用蛋在碱性溶液中，能使蛋白质凝胶的特性，使之变成富有弹性的固体。但是，皮蛋制作如果配方控制不良，会使蛋白质在碱性溶液中反而发生水解，蛋白质变性呈为蛋白，就不能食用。

如果蛋壳有裂痕或配方控制不佳，也会让蛋内之硫化氢外溢，变成金黄色。正常的皮蛋是为墨绿色且有松花及富弹性。