招标人自主确定中标人的好处是给予了招标人充分的自主选择权利，弊端是招标人不选择排名第一的中标侯选人可能导致新的暗箱操作和腐败行为发生，使评标结果和择优选择中标人成为一句空话。理由如下:现行法规定，评标委员会向招标人推荐不多于3名中标候选人，国有资金或国有资金占主导的招标人，应当选择排名第一的为中标人。