被告赔偿。如果民事诉讼案件再审被撤销原判，并重新判决，推翻了原来认定事实和判决的内容，则新的再审判决内容，由再审被告方承担责任，而不是国家赔偿。

国家赔偿的案件主要是行政诉讼法涉及的纠纷判决和刑事案件的判决错误时，由国家负责赔偿。