民事案件是不会有案底的，民事纠纷，是指平等主体之间发生的，以民事权利义务为内容的社会纠纷（可处分性的）。民事纠纷作为法律纠纷的一种，一般来说，是因为违反了民事法律规范而引起的。民事主体违反了民事法律义务规范而侵害了他人的民事权利，由此而产生以民事权利义务为内容的民事争议。总的来讲，民事纠纷就是处理平等主体间人身关系和财产关系的法律规范的总和，所以不会留案底。