酶作用。纯牛奶由于没有经过加热、酶钝化等手段处理，在牛奶中还含有一定量的酶类，尽管它们的数量很少，但在存放过程中也会慢慢使牛奶中蛋白质变性，出现结块现象。

低温或高温条件。蛋白质在高温、低温、酸性以及碱性等各个环境中都会出现蛋白质变性。很多人为了保存牛奶，将纯牛奶放在冰箱中保鲜，有时会将部分牛奶放在冰冻层中，这种低温也会引起纯牛奶结块。高温的环境刺激下，钝化的酶恢复了一定的活性，使蛋白质变性，也会出现结块现象。