《万历十五年》通过讲述万历朝各阶层（包括万历皇帝，首辅张居正、申时行，文武官员海瑞、戚继光，思想家李贽等）的人生轨迹中的理想和局限，引出中国社会逐渐走向不可避免的衰亡的原因：中国两千年来，以道德代替法律的＂人治逻辑＂在明代发展到了巅峰，但这套空泛僵化的逻辑并不能有效治理国家。这是一切问题的症结所在。