职工医保停缴后，可以重新在系统中申请缴纳农村合作医疗保险。职工医保和新农合都交了，如果断了职工医保，可以交农村合作医疗保险，这两个缴费互相没有牵扯，职工医保断了的情况下，新农合继续缴费是可以继续使用的。职工医疗保险中间断交后，可以重新或者继续缴农村合作医疗保险。具体操作步骤为：在职工医保停交后，可以点击申请按钮，进行转移并重新到新农合申请然后选择职工医保的转出地以及选择新农合的转入地，并且点击申请并输入证件信息，最后点击确认即可