品种不同，牡荆树和黄荆树虽然具有亲缘性，并且同属于马鞭草科，牡荆属，但是两者具有区别。牡荆树和黄荆树从本质上来说，两者的品种不同，牡荆树属于黄荆树的一种变种，它还叫做土常山、五指柑、补荆等，黄荆树还叫做黄荆柴、埔姜、布惊、土蔓荆、蚊烟柴等。

叶子不同，牡荆树的叶子较小，叶子表面为绿色，背面颜色为浅绿色黄荆树的叶子子表面为绿色，在叶子背面有密集的灰白色的绒白毛。

花朵不同，牡荆树的花朵为顶生的圆锥花序黄荆树的花朵为聚伞花序，呈圆锥状排列。