首先，文化谱系和时间的区别。良渚文化是环太湖流域文化谱系中的一环，河姆渡文化是宁绍平原地区的考古学文化，仰韶文化是中原地区的文化谱系序列中的一环。在时间上，良渚文化晚于河姆渡文化和仰韶文化。良渚文化距今5300年到4300年，河姆渡文化和仰韶文化都是距今7000年左右，两者在时间上早于良渚文化。

其次，文化面貌和发展阶段不同。这也是良渚能够判定为文明，而河姆渡文化和仰韶文化等早于良渚文化的新石器文化未能进入文明社会的重要标志。