西藏山南扎囊县居藏南雅鲁藏布江中游河谷地带，南北均为高山，沿江两岸为谷地。平均海拔3680米。

扎囊县隶属中华人民共和国西藏自治区山南市，东邻乃东和琼结两县，西连贡嘎县，南与措美县和浪卡子县接壤，北与拉萨市城关区和达孜区相连。日照充分，辐射强。