苦瓜种子应选择种粒饱满、大小均匀、形状和种色深浅一致的新种子。种粒饱满表现为种皮较厚、色泽较深，其发芽率高、发芽势强。种粒大小、形状和种色有时能反映种子纯度的高低，选种时应加以注意。

陈种子表现为种皮发暗呈土黄色或黄色、无光泽，其发芽率和发芽势较低，出苗弱新种子表现为种皮乳黄色、有光泽，发芽率高，发芽势强，出苗壮。