优点：茚三酮与氨基酸中氨基反应形成蓝色至紫红色的物质，但蛋白质或者多肽中也含有氨基残基，也会和茚三酮反应，也会生成有色的物质，比色过程中也会有吸收。因此该方法测定游离氨基酸含量与真实值相比其结果是偏高的。

缺点：用茚三酮比色法测定游离氨基酸含量与真实值相比其结果是偏高的。

茚三酮反应的优缺点

茚三酮受三个羰基的相互影响，羰基碳原子的正电性增强，很容易发生亲核加成反应。

比如水溶液的茚三酮以水合形式存在，水合茚三酮是氨基酸和蛋白质的显色剂