1、根茎区别：石菖蒲的根茎粗2-5mm，颜色为淡褐色水菖蒲横向生长，粗度为5-10mm，颜色为黄褐色。

2、叶子区别：石菖蒲的叶为线形，长度为20-30cm，颜色为暗绿色，无中肋后者叶子为剑状的线形，长度更长，叶子为亮绿色，有中肋。

3、习性不同：前者生长在半阴、湿润的环境后者生长在温暖、湿润的环境。