4月~5月是石菖蒲的花期。

肉穗花序从无叶的花茎顶端抽出，长4厘米~8厘米，宽4毫米~7毫米。花苞为叶状佛焰苞，长13厘米~25厘米。石菖蒲的花为两性花，花蕊被片6，花小，密集生长，呈黄绿色。