二者的区别有，成分不同。海藻盐添加了海藻提取物等制成的深井海藻盐，藻碘中除还有20%左右的有机碘外，还含有甘露醇、小份子海藻和可溶性海藻淀粉等。

精碘盐是从海水、地下岩矿盐沉积物、天然卤咸水获得的以氯化钠为主要成分，经加工而成的。