员工造成重大损失时一般情况下可以按劳动法进行处理，可赔偿单位损失、降级或解除劳动关系进行内部处理。

处理时按损失的大小进行处理，单位能处理的可在单位内部理，单位处理不了的可到当地政府部门进行劳动仲裁或公安走法律程序。