1、二者的定义存在区别。

（1）撤销案件是指侦查机关对立案侦查的案件，发现具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据，所采取的诉讼行为。

（2）结案指结束案件，谓作判决或最终处理。

2、二者的执行结果存在区别。

（1）结案：作判决或最终处理，已经作出执行。

（2）撤销案件：案件撤销就是不查且无罪或者无责任。