琴酒的黑衣组织人数未知。

该组织的真实名称不详，片中一般以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称，组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定，黑衣组织是一个势力很广的大型犯罪组织，资产雄厚，并且在日本政界、经济界和科学界有很深的人脉。惯用手法是在医学界，财经界，科学界吸收一些未来很有前途的人，再暗中以金钱收买。并且聚集大量资金，开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序。