军功档案永久保留。

根据规定，军队档案是以团为单位保存的，每一个团都有一个保密室，专门负责档案及机密要件的保管的，团以下单位是不能保管士兵档案的，在部队服役期间，你的档案就在所在部队团部，但是如果你退伍回家，档案将在你回到部队的三个月以内返回到你户口所在地，也就是说部队里也就没有你的个人档案了。但是军功档案是永久保留的。