1、外形特征不同：

青波鱼的身体长而侧扁，头锥形，吻钝，口亚下位，呈马蹄形，有2对须。背鳍有硬刺，鳞片中等大小。另外，青波鱼的身体背部青黑色，腹部灰白色，各鳍青灰色，尾鳍叉形

而军鱼的体稍呈圆筒形，吻较圆钝，须2对，鳞片很大。与青波不同，军鱼的背鳍柔软无硬刺，但外缘有1条狭长的黑带另外军鱼的腹鳍和臀鳍为橙红色。

2、产地分布不同：

军鱼在我国的长江以南水域分布较广，青波鱼在闽江、钱塘江、沅江和珠江以及海南岛水域均有出产。