麦穗鱼成鱼常在水域周边附近的木杆、水草及石块表面上配对产卵，而其雄鱼有护卵的习性。

产卵期在晋南伍姓湖为4月初到5月底。在河南、山东稍早，在内蒙古及宁夏为5～6月。卵浓黄色，卵径约1、3毫米，为沉性黏着卵，常平铺于水下光石块及树枝等硬物体上。产卵后雄鱼护卵，怀卵量388～3060粒。