主要区别是科属不同。第一，莜麦是禾本科燕麦属植物第二，荞麦是蓼科荞麦属植物。

燕麦的须根外面常具砂套。秆直立，高可达100厘米，叶鞘松弛，鞘缘透明膜质叶舌透明膜质，叶片扁平，质软，微粗糙。圆锥花序疏松开展，分枝纤细，小穗含小花，穗轴细且坚韧，无毛，颖草质，外稃无毛，内稃甚短于外稃，颖果与稃体分离。