金吾卫，唐代官署名，唐十六卫的两卫，属于南衙的禁卫军。掌管皇帝禁卫﹑扈从等事的亲军。

锦衣卫，是明朝专有的军政搜集情报机构，设立于公元1382年，其主要职能为侍卫仪仗、侦缉廷杖、对外情报，从事侦察、逮捕、审问等活动。

两者职责不同，但都是直接听命于皇帝。