虾稻田进排水系统对于虾稻田整体的工程建设来说也是一个关键环节。因为进排水口涉及以后养殖过程中的换水、 防逃、除杂等问题。
对于进排水系统，应该从进水口和排水口分别来区别对待。
从整体上来说，进水口和排水口都采用PVC管进行安装，最好是分别设置在稻田的两个对角上，或者是在稻田的对向两侧。这样可以保证在换水的时候，水流能够全面的带动池塘每个角落的水流动，不留下死角问题。而且，排水口应该设置在地势低的那一侧，这样能够保证稻田水能够顺利排出去。
对进水口来说，应当设置在地势高的一侧， 而且进水口应当要高出最高水面40-50公分，这样可以避免小龙虾从进水口逃跑。同时，提高水位落差同时也可以在落水处防治木板，增加水花，这样可以增加溶氧。
为预防外河水中夹杂杂鱼、野生鱼、卵进入虾田，在落水处要用双层细目网做成过虑网，这样可以过滤掉大量的杂鱼、虾以及卵。
对出水口来说，出水口要设置在环形沟底部，这样方便排水时能够先排掉底部的污水，但是出水口不能太低，要高出淤泥20公分左右，这样避免淤泥把出水口给堵死。出水口一定要用网把口给封死，以防小龙虾从出水口逃走。
