扬子鳄是非常聪明的，它居住的洞穴造得极为巧妙。一般都设有两个进出口，一个通水中，一个通陆上，里面还有几个垂直的气洞和倾斜的通道，在洞底还有一个平坦的“睡床”。

扬子鳄夜间才出来活动，在黑夜里，两眼发出的光芒很像萤火虫的闪光。

更奇特的是，在扬子鳄的口腔和咽腔之间有口盖膜上下相连，形成一条相当于声带的结构，所以扬子鳄与众不同，能够发出吼声。