引物按大类来分可分为特异性引物和随机引物两大类。

特异性引物就是根据所知序列的上下游序列设计的一对引物，一般用做扩增特定的DNA片段。一般为20~28nt。一般常用的都是特异性引物。

随机引物就是一段随机的核苷酸序列，一般为20nt以下。用于扩增出多条条带进行多态性分析之用。包括RAPD引物、SSR引物等。