这要看你所设计的引物了，引物不同，它结合的位置也不同。在pcr中，94度的变性使dna双链成为单链，50度左右的复性使引物结合到模板链上，复性温度要根据引物的tm值。所以引物不是说只与首末端结合。

PCR过程基本为变性，退火，延伸温度高时，DNA变性，双链解开温度降低，引物与DNA结合（温度降低时，DNA链复性，单链变双链，引物过量，DNA与引物通过碱基互补配对原则识别结合），之后在taq酶作用下进行延伸。