1、不同的功能：林业证书的功能是确认所有权或使用权，权利人依法持有森林权属证书，在森林权属证书范围内拥有森林，林木和林地的所有权或使用权。

2、术语不同：林业证书是该证书的旧版本，林业证书是否仍然有效，取决于发放山林证书时商定的使用期限，从2000年4月18日开始，将使用全国统一的林权证样式和序列号。

3、签发机构不同：林业证书由其所属的林场签发，森林使用权证书由县级以上地方人民政府盖章生效国务院确定的属于国家所有重点林区的森林，树木，林地，由国务院林业行政主管部门盖章生效。