非法占用河道水务部门管。非法占用河道可能减少泄洪能力，这个事情属于水务部门的职责。所以，非法占用河道水务部门管。河道建设和涉及河道的建设，如修闸丶建坝丶筑堤丶河道整治等都必须经过水行政主管部门审批，否则就违反了规定。