管理牲猪合法屠宰的单位，是所在地农业农村局下属的二级机构农业综合执法局，他负责农户牲猪屠宰证的发放，对非法屠宰的行业执法的立案、调查及处理，如非法屠宰造成人员中毒、病毒传播等严重公共犯罪则应移交所在地公安司法机关立案处理。