主要区别：第一，科属不同，马鲛鱼是鲭科鲅属的一属鱼类的统称。而金枪鱼是金枪鱼科金枪鱼属动物。第二，体形不同，马鲛鱼的个体小，而金枪鱼体形大。第三，价值不同，马鲛鱼价值略低，而金枪鱼的价值高。

金枪鱼是一种大型远洋性重要商品食用鱼。见于世界暖水海域，与鲭、鲐、马鲛等近缘，通常同隶鲭科。科内和种间都有相当大变异，分类也很不相同，权威对此意见不一。金枪鱼又叫鲔鱼，香港称吞拿鱼，澳门以葡萄牙语旧译为亚冬鱼，大部分皆属于金枪鱼属。