区别大了。主管部门与其存在上下级关系，对其有人事管辖丶业务指导丶工作安排与考核等权力，对其有约束性。而归口管理则不属于上下级关系，更多的是平级关系，工作是传达性的丶协商性的。如环保局丶建设局归囗管理部门是发改局一样。