亚基（subunit）是生物学术语，指有些蛋白质分子含有两条或多条多肽链，每一条多肽链都有完整的三级结构。亚基与亚基之间呈特定的三维空间排布，并以非共价键连接，它是具有四级结构的蛋白质中最小的共价单位。亚基之间的结合力主要是疏水作用，其次是离子键、氢键和范德华力。