清朝时期的南书房并没有品级，也不是正式机构，它只是皇帝的私人机构，主要从翰林院抽调几个侍读或侍讲学士来陪皇帝读读书，聊聊天，写写字画，类似养了一群清客。

在康熙朝，南书房还算有些作用，因为遇到重要政事，康熙往往会找南书房的大臣比如高士奇、张英等人一起商量，这时南书房就有些秘书处和智囊团的意思，但即便如此，它仍旧不是正式机构。