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车轮虫的危害主要发生在鱼类的鱼苗，流行季节为4-8月，水温18-28℃。尤其是在池塘养殖密度大，水体水质偏肥时更容易产生感染。当鱼体被车轮虫大量寄生时，便会产生鱼类的大量死亡。所以，一旦鱼体发现车轮虫后应当及时采取治疗措施，以免发生重大损失。