从两个角度看区别：

站在被投资企业角度看：

商誉是企业的隐形资产，虽然不可辨认，但是是企业的核心竞争力的表现。

股本溢价是股东投入资金超过股本的部分，是权益的一部分。

站在投资者角度看：

商誉是投资者付出的超过被投资企业账面权益份额的部分，也就是看好企业所额外支付的代价。

股本溢价是投资者投入资金超过股本的部分，是股东的付出。