如果只是账目不清公安机关不会立案的。最好找专业的会计事务所帮忙，清理账目，按照会计法的相关规定，设置会计科目，做到账目清晰。

当然了为了掩盖违法犯罪事实故意造成的账目不清，则涉嫌违法犯罪，则需要向公安机关报案，由公安机关调查处理。